Clube Atlético Assisense foi fundado a 27 de março de 1995,  como um clube amador,  por pais de alunos da Escolinha de Futebol Peraltinha,  que na época tinha uma parceria com o Cruzeiro Esporte Clube  de Belo Horizonte(MG). 
 

    Desde sua fundação, o time adota o azul e branco como suas cores oficiais,  em homenagem ao clube mineiro e também à bandeira do município de Assis.    
 

 O clube se profissionalizou em 2003, quando a equipe participou da Série B3 (sexto nível, sem equivalência atual) do Campeonato Paulista, sendo eliminada ainda na primeira fase.  
 

No ano seguinte, o Assisense ganhou corpo na cidade e um forte patrocínio, montando um elenco competitivo.   Nas duas primeiras fases da Série B2 (quinta divisão), a equipe liderou seus grupos. O acesso à Série B1 era dado como certo.
 

 Mas na terceira e decisiva fase, o time pareceu ter sentido a pressão e decepcionou. Por causa do baque de 2004, o Assisense não teve o mesmo apoio no ano seguinte, tanto por parte dos empresários, quanto da torcida. Novamente, o clube teve um bom início na competição estadual, sendo eliminado na segunda fase. 

 

Em 2005, a Série B do Paulistão foi unificada e recebeu seu nome atual de Segunda Divisão. Desta forma, o Assisense passou do quinto para o quarto nível do futebol paulista.

Naquele ano, o clube fez novamente uma boa campanha, sendo eliminado na segunda fase
 

 Em 2006, sem patrocínio, o time não conseguiu passar da primeira fase na Segunda Divisão. A história se repetiu em 2007, com a eliminação ainda na etapa inicial. 

Entre 2006 e 2007, o Assisense passou a investir nas categorias de base, participando do Campeonato Paulista Sub-20, Segunda Divisão, e desde então tem revelado bons jogadores, que passam a compor o elenco profissional. 
 

Também em 2008 e 2009, não conseguiu chegar à segunda fase da Segunda Divisão.

 

Em 2019 o Assisense faz uma brilhante campanha chegando as quartas de finais e sendo eliminado pelo Paulista de Jundiaí, o time era comandado pelo técnico PC. Atualmente o clube é presidido por Fábio Aurélio Mello Bento.